军部以司马为首，左、右长史为辅，主管州府治下军队的征集、操练、调动、思想政治教育等事宜，拥有考查、升降、调动、任免校尉之下武将的权力。
然校尉及以上武将的任免、调动、升降，必须上报于吴狄，由吴狄定夺。
军部下设参谋司、政教司、治安司、镇北军，三司一军。
参谋司中设总参谋长一人、副总参谋长两人、参谋长若干，主要负责情报的收集梳理、军事行动的谋划、将士的功过监督。
政教司中设政教长一人、副政教长两人、教员若干，主要负责军队中将校、兵卒的思想政治教育，及军纪宣讲。
治安司中暂时设总督军（位同都督）一人，副督军两人，统管治下治安军。
总督之下为总队，设总队（位同郡尉）一人，副总队两人，驻扎郡城之中。
总队之下为支队，设支队（位同县尉）一人
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